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El Fondo Nacional de Estupefacientes (FNE) creado por la Ley 36 de 1939 con asignaciones dadas por el Decreto-Ley 257 de 1969, según el Decreto 205 de 2003 funciona como una Unidad Administrativa Especial adjunta de la Dirección de Medicamentos y Tecnologías en Salud.​

Su objetivo es la vigilancia y el control sobre la importación, la exportación, la distribución y venta de drogas, medicamentos, materias primas o precursores de control especial, a que se refiere la Ley 30 de 1986 y las demás disposiciones que expida el Ministerio de Salud y Protección Social, así como apoyar a los programas contra la farmacodependencia que adelanta el Gobierno Nacional.

Desde su creación en 1939, el Fondo Nacional de Estupefacientes (FNE) cuenta con sede propia, la cual fue adquirida bajo la dirección de la Dra. Zoraya López y bajo el mandato ​del ministro de Salud, Fernando Ruiz Gómez.​