De acuerdo con lo establecido en el literal a) del artículo 9 de la Ley 1712 de 2014 y demás normas que la modifiquen, sustituyan o adicionen, el Fondo Nacional de Estupefacientes publica su estructura organizacional y organigrama institucional. En el marco del Decreto 0120 de 2026, el Fondo fue incorporado como Unidad Administrativa Especial adscrita al Despacho del Viceministro de Salud Pública y Atención Primaria del Ministerio de Salud y Protección Social.
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